Struktur Organisasi UPPD Magelang sesuai dengan Peraturan Gubernur (Pergub) Provinsi Jawa Tengah Nomor 3 Tahun 2026 tentang Pembentukan, Kedudukan, Tugas dan Fungsi, Susunan Organisasi, serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Daerah Provinsi Jawa Tengah dengan susunan organisasi sebagai berikut:
